Місто Лиман назване за безстічним озером у кратері метеоритного походження, яке пересохло у 2019 році.
Слобода заснована козаками Ізюмського полку як поселення при сторожових вежах поблизу Торської фортеці у 1667 році.
У 1825 році Лиман був перетворений у військове поселення, з 1857 року мешканців перевели до розряду державних селян.
У 1911 році поряд із містом було прокладено залізницю та збудовано залізничну станцію.
